Das Leibniz-Institut für Gemüse- und Zierpflanzenbau ist rechtlich ein eingetragener Verein. Als solcher hat es einen Vorstand und eine Mitgliederversammlung. Der Vorstand ist zusammengesetzt aus dem Wissenschaftlichen Direktor, der Verwaltungsleiterin, sowie den zwei stellvertretenden Direktorinnen. Die Mitgliederversammlung des IGZ besteht aus Vertretern des Bundes, des Landes Brandenburg, verschiedener Forschungseinrichtungen, wissenschaftlicher Gesellschaften und gartenbaulicher Verbände.
Neben der Mitgliederversammlung berichtet der Vorstand auch dem Wissenschaftlichen Beirat, gebildet aus Vertreter*innen internationaler universitärer und ausseruniversitärer Forschungseinrichtungen. Der Beirat begutachtet und berät das Institut bezüglich seiner Forschungsarbeit.
Die Wissenschaftler*innen sind Programmbereichen (Abteilungen) zugeordnet. Sie bilden den Institutsrat und wählen aus ihren eigenen Reihen im Zweijahresturnus zwei Institutsratssprecher*innen.
Weitere wichtige Funktionen zur Wahrung der Rechte aller Mitarbeiter*innen haben der Betriebsrat und die Gleichstellungsbeauftragte.
Themen (Programmbereiche)
Forschung, Politikberatung und Ausbildung werden am IGZ in fünf Programmbereichen (Programme areas) durchgeführt:
FUNCT Funktionelle Pflanzenbiologie (Functional Plant Biology): Ziel der Arbeiten dieses Programmbereichs ist es ein mechanistisches Verständnis pflanzlicher Funktionen auf verschiedenen biologischen Organisationsebenen (von der Zelle bis zum Pflanzenbestand) zu erlangen.
MICRO System Pflanze-Mikroorganismen (Plant-Microbe Systems): Dieser Programmbereich analysiert die Beeinflussung gartenbaulicher Kulturen durch Mikroorganismen und die systematische Regulierung mikrobieller Aktivität in der Umwelt durch die Pflanze.
BIOINF Genomik und Bioinformatik im Gartenbau (Genomics and bioinformatics in horticulture): Dieser neue Programmbereich wird seine Arbeit in 2020 aufnehmen.
QUALITY Pflanzenqualität und Ernährungssicherheit (Plant Quality and Food Security): Die Auswirkung von Pflanzen und pflanzenbasierter Nahrung auf menschliche Ernährung und das menschliche Wohlbefinden sind stark abhängig von Diversität, Zusammensetzung und Qualität von Pflanzen, sowie von sozioökonomischen Faktoren. Dieser Programmbereich studiert diese Interaktionen und Abhängigkeiten aus biologischer, ökologischer und sozioökonomischer Perspektive.
HORTSYS Gartenbausysteme der Zukunft (Next-Generation Horticultural Systems): Dieser Programmbereich befasst sich mit der nachhaltigen Nutzung gartenbaulicher Kulturen in Anbausystemen, einschließlich der Entwicklung innovativer Managementstrategien zur Adaption an den Klimawandel.
Großbeeren 
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